CODEU colabora con instituciones del  país y del exterior:

• La Asociación de Universidades de América Latina y el Caribe para la Integración (AUALCPI), para impulsar el diálogo, la integración  y la reciprocidad entre las universidades de los países vecinos;
• La Corporación de Universidades Particulares del Ecuador (CEUPA), para promover la cooperación y vinculación entre las universidades ecuatorianas; y
• El programa de Intercambio Académico con base en los Estados Unidos (actualmente en desarrollo), para impulsar la transferencia de conocimientos y “knowhow” más allá de las fronteras, para asegurarse de que todos los temas globales y de tecnología se encuentren al alcance de la universidad ecuatoriana.